我國專利法第99條第1項規定「製造方法專利所製成之物在該製造方法申請專利前，為國內外未見者，他人製造相同之物，推定為以該專利方法所製造」。專利權人主張其製造方法專利權受他人侵害時，須先舉證：1. 製造方法專利所製成之物在該製造方法申請專利前，為國內外未見者；以及2. 他人製造之物品與使用該製造方法專利所製成之物品相同。倘若專利權人能夠證明上述兩點，則推定該物係以該專利方法所製造。此推定產生舉證責任倒置的效果，舉證責任將轉移至被告，行為人須提出反證以證明該物係以與該製造方法專利不同之製造方法所製造方能主張無侵權行為。

        在智慧財產法院103年度民專訴字第13號判決之案例中，系爭專利之請求項1至8為製造方法之專利，為一種陽刻圖文之模擬工法，以線切割方式讓板材上所建立之圖文本體浮出，而模擬陽刻圖文。系爭產品為一掛匾，包括一底板及在底板上具有若干凸出的字體。智慧財產法院認為系爭專利之請求項1至8之製造方法並非唯一製造系爭產品之方法，原告應就被告製造、販賣係爭產品而侵害專利權負舉證責任。儘管原告於訴訟中提出系爭專利產品與系爭產品之結構比對表，然而智財法院認為原告無法證明系爭專利製造方法所製成之物品在系爭專利製造方法申請前為國內外未見，即便兩者結構相同，仍無法推定系爭產品是使用系爭專利之製造方法所製造，因此判決系爭產品未落入系爭專利之請求項1至8之範圍。

        在智慧財產法院103年度民專訴字第97號判決之案例中，系爭專利為一種多媒體遙控器之資訊管理方法，原告主張依此方法專利所製成之物（即顯示於多媒體遙控器且由後台進行整理的頻道分類清單），於原告98年申請專利前，在國內外均前所未見，而系爭軟體具有的功能模組點選之後會產生即時排行的節目表單，為產生此表單須使用請求項1所述方法，系爭專利請求項1可視為製造方法。原告認為應由被告舉證系爭軟體所連結之遠端伺服器並非使用系爭專利之方法。然而，智財法院認為，系爭專利並非一種物品的製造方法，而是一種界定頻道資訊之取得、更新、整合與傳遞等之資訊管理方法，專利法第99條第1項之規定並不及於其他之方法專利，因此無所謂之「所製之物為國內外未見」及「所製之物與製造方法專利所製造之物相同」等要件之適用。另一方面，當事人主張有利於己之事實者，就其事實有舉證責任。但法律別有規定，或依其情形顯失公平者，不在此限(民事訴訟法第277條)。民事訴訟由原告主張權利者，應先由原告負舉證之責。此案例中，原告主張被告系爭方法落入系爭專利請求項1 至5 之專利權範圍，侵害系爭專利等情事為被告所否認，智財法院認為原告應就有利於己之被告侵害系爭專利事實，負舉證責任，而原告主張被告須依民事訴訟法第277條但書規定負舉證責任並不足採。

        專利侵害之認定，須證明行為人在客觀上有侵害專利之行為，即行為人未經專利權人同意而實施其專利。方法專利之實施，按專利法第58條第3款之規定，係指1.使用該方法；2.使用、為販賣之要約、販賣或為上述目地而進口該方法直接製成之物。方法專利受侵害時，於實務上之舉證往往有困難之處。因此，申請人申請方法專利時，如果能同時將物品特徵寫入申請專利範圍以進行保護，是較佳的做法，以考量日後侵權行為發生時進行侵權比對及舉證的容易度。